Poco después fue nombrado director de informativos de TVE, coincidiendo su recién estrenado cargo con el golpe de Estado conocido como el 23-F, en la investidura de Leopoldo Calvo-Sotelo, una situación excepcional que forzó su primera aparición ante las cámaras de televisión y le obligó a asumir la responsabilidad de presentar durante un mes el Telediario de la noche, en unas difíciles circunstancias. Iñaki Gabilondo ha entrevistado a todos los presidentes del gobierno; líderes políticos de todos los partidos; personalidades internacionales, escritores, investigadores, actores, directores de cine, cantantes y todos los protagonistas de la actualidad.
Desde 2011, participa en diario El País y en la Cadena SER con el videoblog La voz de Iñaki, en el que el periodista da su opinión sobre las noticias actuales. En mayo de ese mismo año se puso al frente del programa mensual Iñaki en el canal de pago Canal +.